在三大意识中，其在实际主宰的力量上，远远超过思维意识和显意识的总和。潜意识这种强大的力量，在处于压力状态中，可以接受显意识，与思维意识的分别与独立性，以及间接与直接主宰。而在正常状态下，始终处于是受到思维意识，与显意识联合主宰。但在特殊情况下，潜意识，又可以反过来完全主宰显意识与思维意识。比如重度精神病患者，就属于潜意识主宰了思维意识和显意识。轻度精神病患者，就属于显意识主宰了思维意识和潜意识。因此而言，心理障碍患者，包括世界难题自闭症，其内在精神本质上，同样都属于三大意识，彼此难以相互平衡所导致的问题。
思维意识，显意识，与潜意识在本质互动上，在正常状态中，都同时具备了彼此相互的主宰功能，与相互支持的协调功能。可是一但在打破平衡的状态中，三大意识中的其中任何一个意识，都可以在思维意识的支持下，相互主宰其他意识，包括思维意识的本身。但是，在另一种比较复杂的状态中，又会导致彼此难以相互协调与制，约而导致各种心理冲突。其次三大意识的质量与层次，整体来说。涉及到神经系统，疾病，先天遗传与后天环境，以及文化教育等方面。思维意识是的觉知功能，也是在显意识的驱动下，在潜意识信息库为支持下，所发展出的觉知功能。这种对立单纯的觉知状态，类似佛教上所谓的涅盘状态。
同时，思维意识也可以有效通过，对自身的认知功能，支配，引导，和主宰显意识与潜意识。思维意识，也具备了通过显意识感知功能，把思维认知信息，以转化为潜意信息等功能。这个过程的自然状态就是相互授受。而自我强制状态就，可以称之为意志力作用。思维意识，是由显意识为驱动在潜意识配合下，以五官触觉为基础，以心脏与肺器官，为显意识感知中心，经由外界事物为引擎，而调动整个潜意识信息，并在三大意识，自我与彼此的互动中，以思维意识和潜意识，通过显意识枢纽功能，而双驱并驾，在内因外缘的因果规律中，为思维意识当前的思考目标，寻找答案或结果。
在三大意识中，思维意识。临界发挥功能最小，但它的格局和主宰性最强。它实际存在于人类精神体系，其作用，就如三军主帅。具备了通过支配显意识与潜意识，以及其本身思维意识的基本决策，和各种自主功能。在正常情况下，思维意识的主宰功能，是与显意识，潜意识，以及本身思维意识，是平衡匹配的。当处于此状态中，个体就会根据事件或者环境的需求，在以思维意识的主宰下进行学习，改变，以及以各种措施，达到让自我与环境，相互适应或达到目标的目的。当显意识力量，强大到超越思维意识时，那么显意识，就会与潜意识在相互与彼此互动中，逐渐脱离思维意识的主宰，而于两者在融合与相互牵引中，进行独立又统一，以及与盲目性的运行于精神体系。此时，思维意识，因受到显意识与潜意识的双重压抑，逐渐导致其个体功能，会随着两大意识与环境的互动反应，而被迫启动思维意识的自身保护机能，让思维认知与主宰功能停滞处于休眠状态，从而达到身心体系最大的安全化。这种生物特有的保护机能，是在依附于自然规律下，在进化与求生的本能中，以舍小而求大的方式，获得自我最大限度的生存，或适应能力以及康复空间。在这整个演变过程中，其个体，必然会出现在以思维意识和潜意识，两者混合交叉互动的情况下，以显意识建立在追求快乐，与逃避痛苦的本能反应中，以生理感知为基础的反应为导向，而导致三大意识，不同程度的交替出现，交替潜伏，相互交织，停滞等现象。因此，导致个体，外在行为情绪上的混乱，偏执，分裂，抑郁，多动，迟钝，极端，甚至疯狂等各种心理障碍、精神疾病，与自闭症现象。从而在此基础上。又容易连带性，由心理精神问题。加重或影响到，个体生理方面的其他层次。
特别很多自闭症儿童，主要是因为自身差异，和环境方面一些特定的因素，其内在心理与各种外在诱因，而导致由个体，生理神经系统发育等问题，逐渐造成或阻碍内在精神体系，三大意识的形成、沟通、以及融合等问题。因此，如果要从根本上解决这些问题，特别是在药物无效的情况下，那就需要以建立在以康复生理敏锐，迟钝，异常等现象为基本原则，而激发，修复，唤醒，与强化显意识为中心，从而来影响个体，内在三大意识系统的形成与统一，以及同步功能。其次，主要是根据个体的实际情况，以通过行为，情绪，认知，以及利用催眠原理，设定相应方案，而直接调整三大意识中潜意识，来达到帮助个体，身心健康同步的目的，或外在行为，与心灵意识统一同步康复效果。
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