直到民国时期，禅、仙纷争时，争论仙、佛高下，“老君在世”陈撄宁参与进来，大肆驳斥楞严经里所谓的十种仙，禅教节节败退，于是提出了吕祖斩黄龙之事，表明吕祖神通虽大，不敌黄龙禅师，以证明仙不如佛。
结果陈撄宁在短短数日内，发出《吕祖参黄龙事质疑》、《吕祖参黄龙事抉疑》、《吕祖参黄龙事考证》、《吕祖参黄龙事疑问》、《吕祖参黄龙事平议》五篇文章向天下人证明了所谓吕祖斩黄龙，就是佛教自己编造出来的故事！
事实上吕祖之所以只有单剑，是因为玄天上帝借走了。
玄天上帝即真武，他座前的龟蛇水火二将真武祖师体内脏器而化，祖师得道飞升后，龟蛇二将也得以成仙，趁祖师一时照顾不到，便四处游玩作乱。
待祖师发觉时，二将已经离去多时，又因其与真武本是一体，真武法力再强也不能奈何二将，于是玄天上帝就找到了吕洞宾。
吕祖以剑仙之名得道成真，不仅法术高强，随身携带的两口雌雄双剑也都是天地初创时的先天神兵，正是降服龟蛇二将的关键。
真武祖师找到吕祖后，言明来意，吕祖本不愿借剑，但碍于情面，只好将双剑中一口宝剑递给真武祖师，但却没把剑鞘一同拿去，还告诉真武祖师说：“待收伏二将后，只要将宝剑往空中一扔，它自会飞回，不劳您亲自送还。”
真武祖师答应后便带着这口没有剑鞘的宝剑走了，随后收伏了龟蛇二将，但二将却一直伺机逃脱，祖师不得不手握宝剑，威慑二将，因此这口宝剑便始终没能如约归还。
直至今天，在玄天上帝真武祖师所显法像中还分为文、武二相，文相长袍宽带，面容慈祥，武相则不怒自威，手持一口无鞘宝剑，这便是吕洞宾的那件宝贝了，而吕祖也只能孤零零地背着剩下的另外一口宝剑，也就是那口纯阳宝剑。
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