石破天在上清观遇上了石清、闵柔，为了帮助二人拿到两块铜牌误伤照虚、通虚。后来天虚向石清、闵柔问罪时又使其中毒，误会澄清后，石破天为三人解毒，并与石清、闵柔离开。
石清、闵柔意识到石破天是被长乐帮用来接”赏善罚恶令“，便一同前往长乐帮，途中石破天遇上丁珰，便被带走，后遇上丁不四和关东四大门派的人，石破天救了关东的人。
在长乐帮中，张三、李四帮助石破天解开了种种误会，见到了与自己相貌一样的“石中玉”，而后石破天仍以帮主的身份接了侠客岛的“赏善罚恶令”，石中玉则被石清、闵柔带去雪山派领罪，后来丁珰为救石中玉，将石破天替换掉了石中玉。
石破天等人赶回雪山派，石破天凭借自己的盖世神功消解了雪山派的门户之变，治好了白自在的疯病。这时谢烟客在石中玉的唆使下，赶来向雪山派寻仇，但石破天的出现终于使一切真相大白，石破天这时求谢烟客带走石中玉直到变好为止，而丁珰也彻底弃石破天而去。
不久石破天随白自在等武林高手持令前往“侠客岛”，在岛上经历一番惊险后，终于弄明白了三十年来许多武林高手前往“侠客岛”一去不返的真相：岛上一个山洞里的石壁上刻着“诗仙”李白的那首叫做《侠客行》的五言古诗，其中隐含了一项绝顶神功《太玄经》。
侠客岛主从中土以赏善惩恶令逼来众多武林高乎，只是为了一起参详这项神功，但各人见仁见智，谁也破解不了，而对武学的酷嗜，却使这些人面对石壁神智痴迷，再也不想离开这个山洞，石破天听着众人的争论，看着他们痴迷的样子，只是感到害怕，却不明所以。
众人都在诗句分解注释的各个小山洞，他因为不识字，在那儿既害怕又看不出个究竟来，便来到刻着整篇诗的大洞。不料他往石壁上一看，目中所见都是一把把形态、剑势、剑意各各不同的利剑，所有的文字于他毫无实际的意义可言，他顺着剑势、剑意看去，内息自然而然随之流动，手舞足蹈，待得从头至尾看完一遍，这项《太玄经》神功已是被他练成了。
回归中土后，救下了正跳入海中的史小翠、白阿绣，后为解一桩武林疑案，他随丁珰的叔祖“一日不过四”丁不四等人去寻找他的女儿，终于又回到了小时候居住的荒山。
最终梅芳姑得知石清变情正是自己太过优秀，而后自尽，石破天的身世便再也难明白，到此，全书完。
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