对于平定奢安之乱的有功之臣的封赏问题，崇祯皇帝只是定下了一个大略。
除了最后确定下来的三位封给世爵的人物之外，其他有功的文官、武将、土司、士卒的封赏问题，都由李国鐠、徐光启、张惟贤三个人负责评定。
接下来的三天里，李国鐠等三人带着吏部、兵部，以及张惟贤此时负责的军机处、五军都督府有关人等，本着皇帝当日定下来的原则，将参与平定奢安之乱的有功人员共分为五等军功：
议云贵总督兼贵州巡抚朱燮元，石柱土司秦良玉，四川总兵侯良柱三人为特等；
议南京兵部左侍郎武之望，贵州总兵许成名，云南总兵林兆鼎，还有阵斩安邦彦的邓玘所部都司佥书侯天锡等四人为一等；
议贵州按察使史永安，广西巡抚李逢节，云贵总督副将罗乾象，云南副将龙在田，天策卫副指挥使刘肇基，石柱宣慰司土同知秦拱明，保靖土司彭朝柱，南京兵部员外郎陈子壮，沙溪土司罗九钟，四川副总兵邓玘，贵州副将王国祯，贵州参将赵国玺，南京京营参将汪见国，广西土司莫可及、韦昂等十五人为二等。
议贵州参政郑朝栋，四川参政徐如珂，川东兵备副使刘可训，贵州都匀知府陈熙韶，贵州参将刘养坤，石柱土守备覃克忠，云南阿迷土司普名声，贵州倮倮土司龙吉兆、水西城降将安隆及其侄子安世荣等八十九人为三等。
其余从征水西之将士，凡有斩获者，皆计斩首功，朝廷赐给土地以示嘉奖，由云贵总督府按其斩首级数择地授田。
朱燮元以特等军功，封靖南侯，免南京兵部尚书及兼领四川湖广广西等地军务，以功赐左柱国，专任云贵总督一职，并赐其老妻庄氏一品诰命夫人，赐其在乡闲居之长子举人朱兆宁绍兴府同知一职，赐其庶次子南京国子监监生朱寿益贵州开州通判。
秦良玉以特等军功封忠武侯，子孙世袭罔替，赐给原安氏水外土地一千顷，分赏石柱土司有功子弟。
侯良柱以特等军功封定彝伯，加南京左军都督府左都督，以原永宁宣抚司永宁、筠连、蔺州等地奢家土地山林一千顷，赐给侯良柱为世业，子孙世袭罔替。
南京兵部左侍郎武之望以一等军功，升任南京兵部尚书。
贵州总兵许成名以一等军功，赐平蛮将军印信封号，赐其长子许尽忠锦衣卫世袭千户之职，并赐水西安氏土司山林一千顷，永为世业。
云南总兵官林兆鼎以一等军功，赐宣威将军印信封号，改沾益州为宣威府，赐给宣威、乌撒一带土地一千顷，永为世业。
至于阵斩安邦彦而被评为一等军功的年轻人侯天锡，因为其功归给了其父侯良柱，所以在李国鐠等人议定的方案之中，只是给了一个永宁世袭指挥同知的封赏。
除了这些人，其他有功的文官武将，也都一一得到了具体的晋升或者封赏。
这次平定奢安之乱的封赏之重，在大明朝此前平定西南土司的历次叛乱之中，都是前所未见的。
三天后，崇祯皇帝拿到了内阁和军机处草拟的封赏诏书，看李国鐠等人的确是秉承了自己的意思，所以对这一个封赏的安排基本上还算满意，只对其中一些具体的细节，做出了一些调整。
而在这三天里，内阁拟定朝廷封赏旨意的过程之中，崇祯皇帝意图封赏朱燮元、秦良玉为侯，封赏侯良柱为伯的情况，也终于在朝臣之间传开了。
而传开来的后果立刻就显现出来了。
除了皇亲国戚、亲近臣子以及后宫诸位后妃的恭贺之声，以及一部分人朝臣上书歌功颂德，称赞崇祯皇帝圣天子在位贼酋授首、四海咸安之外，还有一批都察院的各道御史、六科廊的各科言官，纷纷上书议论。
而议论的焦点，与崇祯皇帝所担心的一样。
以水西安氏之土地分封有功将士，因为之前有东江镇和辽东镇的先例在，所以没有人说什么。
侯良柱因功封为定彝伯，封得奢家土地山林一千顷永为世业，也没有人多说什么。
议论或者反对的焦点有两个，其中一个正是朱燮元的功过问题。
其中，户科左都给事中魏呈润上书说：“天下亿兆生民，无论汉土彝苗，皆陛下赤子，此皇天所以托付陛下者也！奢安逆酋，犯上作乱，为祸西南，罪在不赦，然西南彝苗百姓诚无辜也！
“臣闻督臣朱燮元入贵阳以来，纵狼兵灭水东，宋氏满门无老幼尽屠之，未奉旨即断水东宋氏数百年之祀。
“及后誓师出征，不申军纪，自川东、滇北，乃至黔西黔北，所过皆焚掠，百姓山民无良莠皆以叛苗贼寨视之，以致彝苗土民伏尸遍野，奔逃无门，各部官军四出大掠，所作所为，备极残毒。
“西南百姓之祸，臣实不忍言之！臣敢问，督臣麾下所领，究竟官军也，抑或贼军也？！
“若陛下只赏其功，而不罚其过，则臣请辞户科，求归故里！”
都察院佥都御史李世祺上书说：“自来国家外夷之患，北虏为急，两粤次之，滇蜀又次之，倭寇又次之，西羌又次之。
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