对喀喇沁部和陈仁锡、曹文诏等人的封赏，牵扯很广，当然事前也征求了孙承宗和李邦华的意见，两人虽不常在京师，但是这样的大事，作为军机大臣是必须要知情的。
作为直隶总督，孙承宗对民政上的事情管的不多，主要是把把大方向而已，毕竟是顺天府辖内的屯垦有杨鹤在抓，而涿州、易州等地有杨应乾在抓，再往南有卢象升在抓，而通州以东顺天巡抚王元雅也很得力，所以虽然流民很多，但是在屯田安置上并不需要他费多大的精力。
是以自其坐镇通州以来，孙承宗更多的精力，都是花在了整顿沿边的军备防务上面，带着马世龙、王世钦、尤世禄、贾登科、李秉诚等人，先从宣府镇的万全右卫开始，一路上沿着长城向东巡视，张家口、龙门卫、居庸关、古北口、鲇鱼关、大安口、洪山口、龙井关、喜峰口、青山口、界岭口等关口，一直巡视到山海关。
马世龙、王世钦等人，都是当年孙承宗督师蓟辽期间着意栽培的将才，可惜的是，这些人在天启六年孙承宗罢归的时候，也跟着受到魏忠贤一党的打压，有的免官罢职，有的辞官回籍。
袁崇焕主政辽东之后，又着意提拔了一批自己栽培的人，比如祖大寿兄弟、何可纲、吴襄等人，而这些人并没有起复任用。一来，袁崇焕自己本身就是属于坐着火箭升上去的，马世龙等人虽然年纪并不算大，但是袁崇焕还是宁前兵备道的时候，这些人中的多数，都已经是总兵、副总兵级别的了，很多人早在万历年间就开始跟努尔哈赤率领的军队作战了，因此袁崇焕也担心驾驭不了。
再说袁崇焕有个观念，就是要以辽土养辽人，以辽人守辽东，更加注重提拔使用祖大寿等辽东籍的将领。
所以孙承宗带着的这些人，到了袁崇焕再次主政辽东的时候，也还是没有被起复。直到崇祯二年冬季，黄台吉率军入侵，崇祯皇帝紧急起用孙承宗以后，在孙承宗的推荐下，马世龙等人迅速得到重用，总算是把这一次的劫难给挺了过去。
之后随着崇祯四年孙承宗的再次罢归，其中的许多人也再次倒霉，纷纷罢官归家，其中个别人在崇祯十几年以后再次被起复任用，但当时的形势已经是再难挽回了，换了谁也没有用了。
如今孙承宗一复出，马上就给这些人写信，请他们出来帮助自己，先来的马世龙、江应诏、尤世禄等人，暂时安置在讲武堂，而后来的王世钦、李秉诚、贾登科等人，则安排在直隶总督府之中，分别负责直隶总督府各个方面的事务。
对此，崇祯皇帝自然也是乐见的，凭着他在后世对孙承宗一生的了解，凡是孙承宗所做的事情，他都会毫不犹豫地全力支持。因为他知道，在明末这个世界上，如果还有谁能够力挽狂澜于既倒的话，那么只有孙承宗一个人能够做到。
所以对直隶总督府的构成，他都是无条件支持，所提人选一概同意，包括最近孙承宗巡视完宣府镇、蓟镇和山海关防务以后，请求朝廷做出的三镇将领及防务调整。
比如，宣府镇副总兵邓祖禹，率兵三千，前出到燕山北麓、潮河南岸一个叫作满套儿的地方筑城守卫，并招募关内流民沿着潮河两岸屯垦，此地后世称为丰宁，但当时还是一片荒野；同时，蓟镇总兵刘策不再兼任三屯营总兵，三屯营总兵由这次跟随巡边的前辽东镇锦州副总兵王世钦担任，驻地也北迁至喜峰口外的大孤山筑城镇守，兼领募民屯垦事务。
此外，山海镇副总兵尤世威，调任建昌营总兵，而建昌营也同时移驻桃林口外、青龙河畔的三岔口筑城守卫，兼领募民屯垦事务。同时所有巡视到的沿边关口，不久之后也都接到了军机处的公文，朝廷将专门拨付一笔银款，加强沿边各关口城防设施的修缮扩建。
当然了，这其中有孙承宗的想法，也有李邦华的想法，更有崇祯皇帝自己的想法。孙承宗、李邦华当然不知道后来崇祯二年冬发生在这些沿边关口的战争，但是他们出于自己肩负的职责或者说先天的一种嗅觉，敏锐地感觉到了这片区域的防御存在问题，沿边卫所军备废弛，卫所士卒虽然不像西北边地那样大面积地逃亡，但是大多数已经沦为彻头彻尾的农夫，除了耕种二百多年来不断减少的卫所土地，就是给各级将官家里做奴仆或者当雇工，已经不知道有多少年都没有操练过了，根本没有一点军人的样子。
而大明朝廷几十年前就已经认识到了这个问题，考虑到这个地区是京师的北大门，靠着这样的卫所军队很难保证安全，所以先是设了建昌营，后又设了一个三屯营，算是在沿边关口卫所的基础上，为京师多增加一条防线，然而几十年下来建昌营、三屯营同样重蹈覆辙，军备落后，训练废弛，兵不像兵，将不像将，又给养成了一群废物。
在孙承宗这样一个亲自经历过辽东战场的人看来，之所以这样，是因为这些将校官佐和营兵，躲在沿边卫所军队的后面，又有着长城的保护，根本没有一点危机感，认识不到整军经武、加强训练的重要性。
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