何斌定下了通过鹿耳门的计划，他还告诉郑成功，在赤崁城有他的内应。当郑家军通过鹿耳门进攻赤崁城的时候，何斌的内应会打开城门把郑家军放进去。
农历二月二十三日，郑成功点将周全斌、何义、陈蟒、马信、杨祖、萧拱辰、黄昭、陈泽、吴豪、张志、林福、罗蕴章等将领，率军一万一千人马，所有攻台人员全部搬往金门岛，在金门岛上进行最后的准备。
王新宇率领的南洋海军是一支右翼部队，专门负责消灭驻台荷兰舰队，阻隔可能从爪哇岛来增援的荷兰东印度公司主力舰队。王新宇的舰队出动三艘勇士级四级巡航舰、三艘勇敢五级巡航舰和八艘鸬鹚级六级舰，另外出动一支拥有六艘蜈蚣快船的快船队，搭载快速舢板十二条，水师特战队员一百三十人，熟悉西式软帆船驾驶的英国水手二十四人，中国水手七十二人。
届时，快船队将会在夜间悄悄抵达南泊口外面停泊，放下小船，趁着夜色的掩护划入港内，在距离荷兰船两百米外停船，让特战队先潜泳过去，爬上荷兰人的大船。等控制住荷兰人的大船之后，再发出信号，让小船划过去靠上大船，把水手送上船，就能开走大船了。
其实就四条大船，王新宇可以完全不需要出动海军特战队，但一方面是出于对西式船的喜欢，就好像骑士热爱战马一样，作为一名走海上强国路线的将领，对船有无限的热爱；另外一个原因是给自己的特战队练兵，为以后夺取爪哇岛的巴达维亚进行一场预演训练。因为在半年内，王新宇将会对荷兰全面宣战。在郑成功登陆台湾之后，王新宇就会带着船队，远征爪哇岛，一举歼灭巴达维亚港内的荷兰舰队，然后在新加坡建立据点，为获得建造战列舰的原料而夺取一个马来半岛最南端的港口。
原本根据何斌的建议。先头部队不需要携带太多粮食，因为只需两天就能到东番岛。但王新宇提成建议，天有不测风云，大海上的天气更是难以预测 。郑家军多小船，声称若是万一在海上碰到风浪，被阻隔在澎湖岛，岂不是要多消耗粮食。
郑成功觉得王新宇的话很有道理，于是多准备了粮食。
一六六一年农历三月二十三日
。公历四月二十一日，经过一个月充分准备的郑成功大军从料罗湾出发，庞大的船队乘风破浪，向澎湖列岛驶去。
船队四月二十二日抵达澎湖，原计划是二十五日从澎湖出发，二十六日即可通过鹿耳门，但因为连续几日风浪很大，郑家军被困在澎湖岛上。
“幸亏听从了贤侄的劝告，准备了足够的粮食，要不然我们大军要饿几天肚子了！”郑成功赞叹道。
连续几日。风浪都很大，原本历史上是郑成功为了赶潮水，在四月三十日夜晚冒着风浪连夜渡海，五月一日进入台江内海，发起收复台湾的战役。现在粮食充足，王新宇提议说，自己运输特战队和水手的快船队因为经受不起风浪，只能等风平浪静才能出航，而且再过半个月，天上有月亮。也有利于特战队的夜间偷袭行动。因此王新宇建议郑成功在澎湖多逗留半个月，于五月十三日晚出发。
郑成功答应了王新宇的提议，同意在澎湖住半个月再发起行动。
半个月过去了，天气逐渐转热。原本波浪滔天的台湾海峡随着夏季的到来，逐渐变得风平浪静。夏天的大海，只要没有台风，都是很平静的。
五月十三日，农历四月十五日中午，王新宇自己的船队首先出发。开始了夺船行动。
夏季的台湾海峡，风平浪静，十四艘大舰和六艘快船在海面上航行，经过一个下午的航行，天黑之后，船队已经驶过了一大半路程，在深夜可以抵达南泊口。
火红的夕阳从西面的海天一线处落下，海面波涛泛动的灿灿金光逐渐变暗，当夜幕笼罩在大海上的时候，一轮圆月从东面天边升起，给海面上撒上一层银光。
王新宇离开旗舰德雷克号，亲自登上一艘蜈蚣快船，准备指挥袭击行动。
“准备划桨！”王新宇下了命令。
桨舱内的桨手们摇动船桨，快船开始加速，在风力和桨的双重力量下，快船很快就达到了十一节的高速，把那些只有六七节航速的大船远远甩在后面。
快船队和舰队分离之后，桨手们奋力划动快船，向台湾海岸线划去。
亥时一刻，也就是晚上九点半的时候，快船队面前出现了一大片黝黑的海岸线。
“快到了！船队全部停止前进！”王新宇让人传令下去。
快船队在距离南泊口三海里外的海面上停泊下来。虽然天上有圆月，但因为快船目标很小，当年又没有探照灯，南泊口的荷兰人根本就没发现悄悄抵近的明军快船队。和那个年代的东方人一样，荷兰人睡觉也很早。这个时候，大部分的荷兰人都已经进入梦乡。
六艘蜈蚣快船上，舷侧炮位都已经拆除，每艘船都搭载两条小舢板。
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