东晋南北朝的道教变革，从葛洪到陶弘景，基本上告一段落。道教经过这一时期的改造，已经有了较为完备的教义理论和经典文献，建立完善了自身的科戒仪式和相对统一的教会组织，丰富发展了修炼方术，形成了独特的神仙信仰体系，并扩大了在统治阶级和普通民众中的影响，完成了从民间宗教向官方正统宗教的演变过程。在西晋以后，在少数民族统治的十六国北朝境内，也出现了道教改造旧天师道的事件，形成了寇谦之新天师道和楼观道派。
北魏初期，佛教与道教同时发展壮大，但由于北魏太武帝即位之初，听信寇谦之与崔浩之言，又加之随着北魏统一战争的进展，新征服的关中都是佛教兴盛之地，僧侣地主交通官府，妨碍国家政令统一，甚至有参与叛乱可能，这些都促成了太武帝决心镇压佛教势力的原因。公元444年正月，太武帝诏令灭佛，杀尽佛门弟子。同年九月发生了诛杀高僧玄高事件。后由于崔浩失政被诛杀，寇谦之死去，至公元548年，北魏分裂后，道教与佛教在论较中失败，北齐政权诛灭道教，提倡佛教，从此新天师道团消亡了，于隋唐时期流行的道教宗派，主要是南方的上清派及北朝后期兴起于关中的楼观道了。
楼观道以陕西终南山下的楼观为中心，传播于关中地区。在北魏孝文帝时起以梁谌、王嘉、王道义、陈宝炽、李顺兴等为代表正式形成楼观派。此派受到南方上清派的影响颇深。在其兴盛发展过程中，陈宝炽、韦节、王延、严达等著名道士起了重要作用。在唐朝时期，楼观道成为与上清派同样的待遇的御用道教流派，具有融合南北方特点的道教，在学术上形成了注重实用而不尚义理辨析的特点。楼观派虽然受到南方上清派的影响较深，但在神话老子方面却继承了北方天师道的传统。在佛教、儒教、道教三者的关系上，辩论空前激烈。虽然经历了道教被废除，但是道教在这一时期基本上奠定了成为封建上层建筑与思想文化的重要组成部分。
到了隋唐时期，尤其是唐代，是道教全面发展的繁荣时期之一。因隋文帝幼时由尼姑养大，自称我兴由佛法，对佛教非常重视。规定三教的次序是佛为先，道为次，儒教为末。在唐皇近三百年的统治中，道教始终得到扶植和崇奉，居三教之首。唐末的吕洞宾、钟离权成为后来内丹派的祖师爷。魏晋以来不大受道教重视的老庄著作，列入道藏太玄部首经，成为唐代流传最广，影响最大的道经。道教在唐代建立起了相当系统化的道教哲学体系。重玄之道即为：故常无，欲以观其妙；常有，欲以观其微。此两者同出而异名，同谓之玄，玄之又玄，众妙之门。人法地，地法天，天法道，道法自然。所谓道性是指众生禀赋于道或道同一的不变之性。众生即是道，道中有众生，一切有形，皆含道性。
修道成仙是道教修炼的根本目的，也是道教宗教观念的核心。道教神仙思想的变迁同样反映着中国封建社会的历史演变。唐代安史之乱至北宋初年，是中国历史上一段动乱时期，造成了道教内容的改变和道士成份的改变。此时奉道求神仙的人大致有这样几类：一是隐于山中，不求闻达，如唐初的潘师正。二是精究方术，全性保真，或炼丹合药。如刘商(为中山靖王之后)。三是身情异术，逃于形骸，和光混俗，隐于市井的。如孙登。唐末五代的社会动乱，给修道之人的队伍中又增添了两类人：其中一类是仕途无望，归隐山林，到道教中找寄托。有的是辞官不做，逃于世外，这类人有罗隐之，郑云叟等。另外一类人专修道教之方术之人，以求在乱世中或生存自保，或救助贫弱。唐末五代所出现的这两类追求道教的人物，而又对后来影响最大的一个代表就是被传为神仙的吕洞宾。唐末五代以后人们对道教的追求则较多的带有实用目的，内儒外道的道士无形中使道教渗入了更多的儒家思想。这种结果造成的影响，为南宋道教全真派的形成准备了条件。
其神仙思想就是：神仙可成的思想发生动摇。第二是神仙的出世与神仙的救世变成神仙不高高在开界，神仙可下世救民于苦难。这也影响到了道教金丹思想向内丹思想转化的过程。在全真教里神仙已不再是远离世外超出凡间的了，而是可以变化升举，长生永驻的幻人物了。神仙的神奇色彩少了，人性的色彩多了。
三教合一是唐宋时代宗教思想发展的总趋势。这种思想也同样表现在宋代形成的吕洞宾信仰中。由于吕洞宾信仰在宋代的广泛影响，宋代形成的全真教南北宗都把其信仰吸收到自己的教派来。全真教南宗创始人张伯端，北宗创始人王重阳，建立起他们与吕洞宾的师承关系来。内丹术全让全真派占去，正一派只余下传统的鬼神崇拜与符咒之方术了。这一时期也出现的八仙的传说。
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