与此同时，锦衣卫规模也进一步扩大，南、北镇抚司下设五个卫所，统领官称千户、百户、总旗、小旗，一般军士称为校尉、力士，雅称为“缇骑”。锦衣卫的人数，最少时为一千余人，最多时则达到了六万之众。
不过，锦衣卫职权如此之大，也很容易成为以权谋私的工具。纪纲执掌锦衣卫后，便充分利用锦衣卫的办案之权铲除异己，例如阳武侯薛禄因为与纪纲争夺一名美色女道士，便被纪纲用铁瓜打破脑裂几乎死掉；又如浙江按察使周新受到纪纲诬陷，以谋反罪被处死。
当然，锦衣卫仍然扮演着皇帝忠犬的角色，例如内阁首辅解缙因参与太子议立，得罪了汉王朱高煦，结果受到朱高煦的诬陷，被朱棣以“无人臣礼”罪下诏狱，之后大理寺寺丞汤宗、宗人府经历高得、中允李贯、赞善王汝玉、翰林院编修朱纮、检讨蒋骥、潘畿、萧引高及御史李至刚等皆被连坐下狱。
以致高得、王汝玉、李贯、朱纮、萧引高最终病死狱中，而解缙最终也因朱棣的暗示，被丢在雪地活活冻死。
从明成祖朱棣重立锦衣卫，到明宪宗以前，明朝中期的锦衣卫虽然职权有所扩大，但除了纪纲在位期间胡作非为之外，总体来看危害尚不算大，其所代表的仍然主要以皇帝意志为主。而史料中所明确提及的锦衣卫最后一桩大案“金刀案”，也出自这一时期，不过由于锦衣卫指挥使卢忠临阵装疯，此案最终没有扩大化。
明朝中后期：成化后职权进一步扩大，正德后长期依附于东厂
明宪宗成化年间，京城先后发生了“妖狐夜出”离奇事件和“李子龙意欲刺驾”事件，两件事情的爆发，让明宪宗大为恐慌，尤其是对于东厂和锦衣卫的侦缉能力极度怀疑。于是，明宪宗不仅开设了西厂，而且对锦衣卫的职权也进一步扩大。
先是“妖狐夜出”事件，当时京城有个叫赵灵安的商人在出城经商时，碰到了一个美女，于是便将其带回了府中，结果次日全府上下的人和牲畜全部死光，且所有人和动物皆没有伤痕，而那个美女却没了踪影，于是京城开始流传出狐狸精作怪的传说。紧接着，便不断有人声称夜间见到一个美女四处游荡，且接连死去了几个人，于是“妖狐夜出”的传说开始迅速流传。
再是“李子龙意欲刺驾”事件，当时京城有一个以旁门左道闻名一时，极善于蛊惑人心的妖道，名叫李子龙，朝中不少官员也都拜在了他的门下。于是，在这些官员的帮助下，李子龙得以潜入皇宫，先后到万岁山等地“游览”，传说其潜入皇宫便是意欲弑君，结果还没等他找到皇帝，便被锦衣校尉发现，结果被抓了个正着。
这两件事情的发生，让明宪宗大为紧张，开始变得疑神疑鬼，深感到处都充满了危险，不仅设立了西厂加强侦缉，同时也加强了锦衣卫的职权。
在成化以前，锦衣卫虽然可以自行逮捕、刑讯和处决人犯，刑部、大理寺、都察院无权过问，但除了皇帝授意的案件之外，锦衣卫在逮捕、审讯人犯之后，还要交由三法司定罪。但从成化十四年（1478年）开始，锦衣卫审理完人犯之后，却是直接提交皇帝，三法司连顶嘴职权也没有了。
锦衣卫这种独立于司法体系外的存在，为他们滥用刑罚提供了可能，以至于嘉靖时期的刑科都给事中刘济抱怨道，“国家置三法司，专理刑狱，或主质成，或主平反。权臣不得以恩怨为出入，天子不得以喜怒为重轻。自锦衣镇抚之官专理诏狱，而法司几成虚设。”可以说，一旦被锦衣卫盯上，便等于已经宣判了死刑。
综上，从朱元璋设立锦衣卫，到明成祖朱棣重启锦衣卫办案权，明朝中前期的锦衣卫就是为了维护皇权统治，主要以皇帝的意志行事，但正德年间以后的锦衣卫则丧失了这种职能。
而锦衣卫之所以让明朝朝野内外如此恐惧，则主要源于侦查无孔不入、办案不受节制和诏狱有死无生三点！
大家看关于明朝的电视剧、电影，对于一些机构，应该十分熟悉。具体介绍起来，有锦衣卫、东厂、西厂，当然以反派角色为主，个个武功高强。虽然这些人几乎很少上朝，但在朝中权力相当大，文武百官都惧怕他们。
原因因为这些人，大多数都是皇帝亲信，说话分量大，根本不敢招惹。然而明朝真正最厉害组织，并非是上述三个部门，事实上还有一个。就连锦衣卫、东西厂看到，都要下跪，哪怕朝中重臣不能例外！
从古至今皇帝亲信，算是拥有“特殊权力“，哪怕有些人没有名义官职，朝中大臣都不敢小瞧他。毕竟身为皇帝身边人，影响力相当大，真的容易心生惧怕心理。在古代封建王朝，皇上身边的人，譬如太监、宫女等，地位都挺高。
《康熙王朝》中，康熙身边亲信苏麻、魏东亭，就是一个明证。朝廷大臣诸如鳌拜、索尔图、明珠等人，见了他们谁敢无礼，毕竟某种程度上代表着皇帝。
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