元朝末期，贪污剥削愈来愈严重。政-府卖官鬻爵，贿赂公行。官吏敛括的花样无奇不有。“所属始参曰拜见钱，无事白要曰撒花钱，逢节曰追节钱，生辰曰生日钱，管事而索曰常例钱，送迎曰人情钱，勾追曰赍发钱，论诉曰公事钱”；“觅得钱多曰得手，除得州美曰好地分，补得职近曰好窠窟”；甚至连肃政廉访官吏也是“所至州县，各带库子检钞称银，殆同市道”。到了元顺帝妥欢帖木儿（海山帖木儿的长子嫡孙，第十五任）时期，一切腐败现象达到极点，蒙古贵族和喇嘛僧的跋扈，官吏的贪污，地主豪强的专横，与日俱增。以顺帝为首的蒙古皇室，也是“丑声秽行，着闻于外”。元朝的统治已经走上了崩溃的道路，和残酷的贪污剥削平行，又接连出现严重的天灾。元统（元顺帝第二个年号，用了两年）元年（1333年）京畿大雨，饥民达四十余万。元统二年江浙被灾，饥民多至五十九万。至元（元顺帝第三个年号，用了五年）三年（1337年），江浙又灾，饥民四十余万。至正四年（1344年），黄河连决三次，饥民遍野。
在天灾人祸的迫害下，农民成群地离开土地，武装起义相挺而起。
早在泰定二年（1325年），河南息州（今河南信阳）赵丑厮、郭菩萨的起义，提出了“弥勒佛当有天下”的口号，揭开了元末农民起义的序幕。顺帝至元三年（1337年），又有广东朱光卿、聂秀卿的起义，称“定光佛出世”。同年又有河南棒胡的起义，棒胡烧香聚众，起义者举“弥勒小旗”。至元四年（1338年），彭莹玉、周子旺聚众五千人在袁州（今江西宜春）起义，起义农民“背心皆书佛字”，周子旺自称周王，尊彭莹玉为军师，立年号。元廷派大军镇压，起义失败，周子旺牺牲（周芷若是周子旺的女儿，据说周芷若后来为了替父报仇，效仿郭襄加入峨眉派修炼九阴真经，最终成为峨眉派掌门人）。周子旺组织的袁州起义虽然失败了，但他为彭莹玉抗击元兵积累了宝贵经验，彭莹玉后来逃亡淮西投靠徐寿辉建立了天完证权。到了至正（元顺帝第四个年号，用了三十年）初年，小规模起义、暴乱已遍及全国，仅京南一带的起义即达三百余起。举行起义的农民多是汉人、南人，因此蒙古统治者对汉人、南人更加仇视。元丞相伯颜等人曾提出了要杀绝汉人张、王、刘、赵、李五姓的主张，同时又重申汉人不得执兵器，不得执寸铁，并且下今北人殴打南人不许还报等。这些禁令的实施，更激发了反抗的火焰，反抗蒙古统治者的各种各样的民谣到处传播。刘福通曾以“贫极江南，富跨塞北”为号召，当时有人说：“塔儿白，北人是主南是客。塔儿红，南人来做主人翁”，又有人说：“天雨线，民起怨，中原地，事必变”。这些民谣都强烈地反映了当时日益激化的民族危机和阶级矛盾。元末红巾军大起义正是民族危机与阶级矛盾的总爆发，而更主要是阶级矛盾。
“石人一只眼，挑动黄河天下反”，这是至正十年（1350年）普遍流行于黄河灾区的一个民谣。到顺帝至正十一年（1351年），果然因为挑动黄河，天下反了。这一年，元朝**命工部尚书贾鲁发汴梁、大名等十三路农民共十五万人修治黄河，同时又派兵沿黄河镇压这些农民。就是这些黄河工地上服役的农民，点燃了红巾军起义的导火线。红巾起义爆发以后，一时“贫者从乱如归”，不出数月，黄河长江两淮之间，到处是揭竿起义的旗帜，这就是元朝末年着名的红巾军大起义。
至正十一年（1351年）爆发的红巾军大起义，主要分为两支，一支起于颖州，领导人是刘福通；一支起于蕲、黄，领导人是彭莹玉（即彭和尚）。
至正十一年五月，韩山童、刘福通率领农民军攻下颍州。刘福通长期以来即以白莲教组织农民进行反元斗争。他最初在永年推韩山童为首，称韩为宋徽宗八世孙，“河、淮、襄、陕之民，翕然从之”。不料事机泄露，韩山童被捕，其子韩林儿逃至武安，福通即来颍州，攻下朱皋，在朱皋开仓赈济贫民，“从者数十万”。以后又相继占领罗山、真阳、确山、汝宁、息州、光州等地。
至正十一年八月，徐寿辉、彭莹玉攻下蕲州。彭莹玉是袁州“庄民家子”，自幼出家，以清泉为人治病，袁州百姓“事之如神”。他长期利用白莲教组织农民起义。至元四年（1338年）起义失败，逃匿淮西，淮民“争庇之”。至此彭莹玉又推布贩徐寿辉为首，在蕲、黄起义，建元治平，国号天完，很快便占领了武昌、安陆、沔阳、江州、饶州等地。
这两支农民军头裹红巾，称为红巾军或红军；他们都信奉弥勒佛，烧香聚众，又称“香军”。此外，以红军为号的还有萧县芝麻李、南阳布王三、荆樊孟海马、濠州郭子兴，“两淮、丰、沛、许、汝、荆、汉”的农民都起来响应，红巾军的群众基础基本上都是贫苦的农民。元末文人叶子奇说，当时“人物贫富不均，多乐从乱”。明太祖朱元璋也说，濠州地区“民弃农业执刃器趋凶者万余人”。
农民起兵抗元的根本原因是由于元末社会的贫富不均，阶级矛盾激化，但蒙古统治者的残酷民族压迫也是重要原因。
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