泰昌十八年的战火仍在持续燃烧，但帝国的重心已开始从单纯的军事征服，转向更为复杂和艰巨的战后治理与消化。四方战场在继续推进的同时，庞大的帝国机器也开始全速运转，试图将新征服的土地，真正转化为帝国牢不可破的基石。
漠北草原，硝烟渐散，但空气中依旧弥漫着血腥与肃杀。朱由检深知，游牧民族“叛服无常”的根源在于其流动性。他在军事打击之后，立刻推行了强有力的“固化”政策。
首先便是大规模“军屯”。他利用俘虏的降兵和内地迁徙来的流民、罪囚，在水草丰美、地势紧要之处，大规模建立屯垦点。这些屯垦点不仅是生产基地，更是军事据点，配备有火炮和驻军，如同钉子般楔入草原腹地。屯民亦兵亦农，战时协防，平时垦殖。
其次，强力推行“盟旗制度”。将所有归附的蒙古部落打散重组，划定固定的游牧区域（旗），数个旗会盟，盟长由北疆总督府任命或认可，严格限制其越界游牧和私自联合。各旗需按比例提供“义从”兵员，由明军军官指挥，其头人子弟则必须送入北疆书院学习。
同时，通往漠北的“驰道”开始规划修建，虽然初期只是夯土路面，但已象征着大明对此地统治的决心。商业也随之跟进，官方组织的商队带着茶叶、布匹、铁器，换取毛皮、牲畜，经济纽带开始缠绕这片新土。北疆的治理，以军事为后盾，以屯垦和文化融合为手段，稳步推进。
西域与雪域，李自成的大军在卢象升的谋略支持下，继续扫荡残余抵抗势力。每攻克一处要地，李自成做的第一件事便是“筑城”。不同于中原的砖石城池，西线明军更依赖就地取材，建立夯土堡垒和兵站，但这些据点扼守水源、交通要道，成为明军统治的象征和支撑点。
针对西域复杂的民族和宗教情况，卢象升采取了“分而治之，渐进改流”的策略。对于主动归附且配合的当地头人、伯克，允许其暂时维持一定权力，但必须接受大明派遣的“宣慰使”监督，并缴纳赋税，提供劳役和兵员。对于顽强抵抗或反复无常者，则坚决镇压，其土地、人口收归官有，直接由流官管理。
在青藏高原，明军对藏传佛教表现出极大的尊重，但同时也展现出强大的武力。卢象升代表朝廷，正式册封了几位重要的活佛，承认其宗教地位，但要求其辖区必须接受大明驻藏大臣的管辖，并协助维持地方秩序，打击不服王化的部落。一条连接青海、西藏与内地的“官道”也开始勘探，旨在打破地理隔阂。
中南半岛的湿热雨林中，柳文耀的“龙安新军”在沐王府土司兵的配合下，稳步推进。柳文耀（岳飞武魂）极为重视军纪和民心，严禁滥杀，对主动归附的土司头人，采取“土流并置”之法。即保留其部分世袭权力和领地，但必须接受大明派遣的“抚夷同知”共同治理，推行汉化教育，并服从朝廷的征调。
与此同时，大规模的移民计划开始启动。来自湖广、四川等人口稠密地区的百姓，在官府的组织和资助下，成群结队地南下，进入红河平原、湄公河三角洲等肥沃之地，建立村庄，开垦稻田。这些移民点往往与军事屯堡相邻，形成汉文化的前进基地。
沿海，王承恩（郑和武魂）的舰队在保障后勤和支援陆战的同时，开始着手经营重要的海港。位于湄公河口的“镇南港”（与前文南洋镇南港区分）被扩建，成为控制中南半岛东海岸的核心基地。水师工匠指导当地劳工修建更坚固的码头、仓库和炮台，来自大明的商船开始频繁出入，带来货物，运走当地的稻米、木材、香料。南境的征服，正迅速转化为实实在在的经济与战略利益。
日本九州，张献忠（白起武魂）的“清理”工作仍在继续，但大规模的、有组织的抵抗已基本被粉碎。史可法（贾诩武魂）的策略开始发挥主导作用。他利用投降的日本武士组成“先遣队”，负责引导明军清剿山区残敌，并甄别哪些村落“配合”，哪些需要“净化”。这种以倭制倭的手段，极大地加剧了日本社会的分裂和崩溃。
与此同时，一场史无前例的、系统性的殖民计划开始实施。来自大明东南沿海，特别是地少人稠的福建、浙江地区的百姓，被大规模、有组织地迁徙至九州。他们被分配到那些已被“清理”出来的土地上，原有的日本村落痕迹被彻底抹去，取而代之的是按照大明样式建立的村庄、城镇。这些移民被称为“拓殖团”，他们自带农具、种子，并在明军的保护下，开始在新的土地上繁衍生息。
为了彻底斩断文化根源，所有日文书籍、寺庙、神社被有计划地销毁，仅保留少数有艺术或史料价值的物品运回国内。汉语被强制推行为唯一官方语言，原有的日本姓氏被要求改为汉姓。张献忠甚至下令，将所有搜集到的日本刀剑集中熔毁，铸成铁碑，上刻“平定倭国铭”，立于九州各处要地。东瀛的“亡国灭种”进程，正以一种冷酷而高效的方式推进。
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