当中印学者在联合实验室拼合《航海日志》与沉船文物时，程远突然注意到货舱木板的拼接方式很特别。用激光扫描后，三维图像显示这些木板组成了“俱兰港”的地形，码头的长宽数据与《岛夷志略》记载的奎隆古港完全一致，误差不超过三尺。木板的隼卯结构呈“阶梯状”，与泉州宋代古船的“鱼鳞式”搭接法不同，显然是为了适应印度洋的风浪特意改良的。“是港口地图！”他调出印度的卫星地图，木板的榫卯处竟与现代码头的桩基位置精确对应，“杨廷璧在船板上标记了停泊点——难怪第三次出使能顺利靠港。”最外侧的木板上，还刻着行小字：“郑震凿井于此”，笔迹与《元史》记载的“舟人郑震”签名完全相同，捺笔处的分叉特征极为明显。
盗墓团伙的新据点在斯里兰卡被捣毁时，警方搜出了批令人震惊的文物：其中件元代青铜镜的背面，用梵文刻着“俱兰使者”，镜缘却镶嵌着明代的蓝宝石。程远拿着检测报告指出：“这是用元代使团遗物改的赝品，蓝宝石的包裹体显示是克什米尔产出的，至元年间还没传入中国。”但镜钮里藏着的羊皮纸却是真的，上面用波斯文写着“杨公藏稻种于僧伽耶山石窟”，与陶片上的“阻风”记载完全吻合——显然是盗墓者根据真线索伪造文物，羊皮纸的纤维碳十四年代确为至元十七年，含有的海盐成分与僧伽耶山附近海域一致。
从盗墓者的审讯录像里，程远发现他们的头目竟是朱明远的远房侄子朱世昌，他声称“要把杨家的稻种夺回来，归朱家所有”。程远看着审讯室里那袋被缴获的古稻种，基因序列与僧伽耶山石窟的标本完全相同，“他根本不懂，”程远对张瑜说，“这些稻种从来不属于某个人，杨廷璧在《航海日志》里写得很清楚——‘稻者，天下之粮也’。”
次年旱季，中斯联合考古队在僧伽耶山石窟展开发掘。程远的洛阳铲刚探入地下五米，就带出片带釉的瓷片，釉色青中泛灰，是典型的元代景德镇窑特征，胎土中的铝含量为23%——这种“高岭土”成分与泉州出土的杨廷璧使团瓷器完全一致。往下清理时，整座藏经洞渐渐显露出来：呈半月形，长约十二米，宽六米，洞壁的岩画里，一半是中国的“北斗七星”，一半是印度的“二十七宿”，两种星图在穹顶交汇成螺旋状，像极了DNA的双螺旋结构。
陶罐里的稻种虽已炭化，却仍能提取出完整的DNA，与奎隆沉船出土的稻种序列完全相同，只是多了组抗霉菌基因——显然是为了适应石窟的潮湿环境。“这才是杨廷璧首航时的储备粮。”程远将炭化稻种放在显微镜下，“他们阻风时特意藏起来的，罐底的‘杨’字与市舶司陶片如出一辙。”更惊人的是，洞角的石台上，还放着半块铜镜，镜面反射的光斑在洞壁上形成的图案，正好是《杨廷璧航海图》里的僧伽耶山航线——原来古人用这种方式记录方位，铜镜的曲率半径经过精确计算，误差不超过0.5毫米。
张瑜在藏经洞的泥土里，发现了些散落的铜钱，一半是元代的“至元通宝”，一半是马八儿国的“方形铜币”，边缘都有相同的磨损痕迹，显然是被同一串绳子穿在一起的。“至元通宝”的钱文是八思巴文，与泉州出土的官铸钱币完全相同；马八儿铜币的正面是梵文“吉祥”，背面是船纹，与《岛夷志略》记载的“马八儿国钱”完全吻合。“是贸易的证据！”她指着铜钱上的凿痕，“杨廷璧在僧伽耶山时，曾用中国铜钱兑换当地货币，这些凿痕就是兑换标记，每枚铜钱的凿痕数量正好对应兑换比例——一枚至元通宝换三枚马八儿铜币。”铜钱的锈蚀层里检测出相同的铜元素成分，证明是用同一处铜矿冶炼的——跨越国界的货币，竟来自同一片土地。
郑海峰的潜水队在石窟附近的海域，发现了艘更古老的沉船，船板上的“至元十六年”年号清晰可见。船体的龙骨采用的是印度半岛特有的柚木，而肋骨却是泉州产的杉木，两种木材的接合处用的是阿拉伯式的铜铆钉，含铜量达99.5%。货舱里的丝绸残片上，用苏绣针法绣着“杨”字，丝线的材质与泉州出土的使团衣物完全相同，只是染料里多了印度特有的茜草红成分，色谱分析显示与俱兰国出土的唐代丝绸染料属同一谱系。“是首航的补给船！”他对着水下摄像机说，“丝绸里包裹的胡椒籽还保持着完整的颗粒，与俱兰国的胡椒标本完全相同——这些航海者，走到哪都带着家乡的手艺。”
当程远团队将马八儿稻种与“元爪稻”进行基因比对时，屏幕上的图谱突然显示出惊人的相似性：两者的第9对染色体完全一致，都带着杨廷璧改良的“耐盐基因”标记——一段由22个碱基组成的重复序列。“是有意识的传播！”张瑜调出元代《农桑辑要》的电子版，其中“杨公三变法”的记载，正好解释了这个基因的来源：“一曰晒种，二曰拌沙，三曰轮作，可使稻种耐咸卤。”她指着图谱上的变异节点，“每次出使，这个基因的稳定性就增强一分，显然是杨廷璧在三次出使中不断改良的结果。”
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