徐达又命潘元绍用道理反复开导他多次，张士诚闭眼不语。于是用旧盾牌把他抬出葑门，途中换成门板，抬到船上。
此役俘获张士诚的官属包括：平章李行素、徐义，左丞饶介，参政马玉麟、谢节、王原恭、董绶、陈恭，同佥高礼，内史陈基，右丞潘元绍等所率领的将校，以及杭州、湖州、嘉兴、松江等府官吏的家属和外郡流寓之人，总共二十余万，连同元朝宗室神保大王、黑汉等人，都送往建康。叛将熊天瑞被处死。
起初，徐达与常遇春约定，城破之日，两人各负责一半区域安抚平定。徐达先集合将士，申明皇上旨意，让将士各自悬挂小木牌，下令：“掠夺民财者处死，毁坏民居者处死，离营二十里者处死。”待城破，徐达军负责城左，常遇春军负责城右，号令严肃，士兵无人敢妄动，城中居民安然无事。
壬午日（初九）：命中书省将战袍赏赐给征讨浙西的将士。当时姑苏大捷的消息尚未传来，皇上考虑到士兵出征戍守，天气将寒，所以有此命令。
癸未日（初十）：姑苏捷报传到，皇上于是命令中书平章胡廷瑞率军攻取无锡州，并命大都督府副使康茂才率领常州、宜兴、长兴等卫士兵随后跟进。
命令虎贲左卫副使张兴率领一千名勇士赶赴淮安，等待出兵日期。又命令濠州训练平乡山寨的军队，也到淮安会合，谋划夺取胶州以及登州、莱州等地。
乙酉日（十二日）：改平江路为苏州府，任命何质为知府。
命令江淮卫派兵一千人守卫邳州。
大将军徐达等派许千户率兵攻取通州，驻扎在狼山。通州守将张右丞，是张士诚的侄子，人称“火眼张”，率领部众到军门投降。共收降将士七千三百四十二人，缴获银印一枚、铜印十二枚，马二百八十七匹，船二百一十四艘，粮五万二千六百九十余石。
这天，皇上因姑苏刚克，担心通州守军惊溃，命泰州指挥孙兴祖前去攻取。等他到达时，通州城已经投降了。
丁亥日（十四日）：设置内使监，官秩正四品，设监令（正四品）、丞（正五品）、奉御（从五品）。内使为正七品官职，典簿为正八品官职。设置皇门官，官秩正五品，设皇门使（正五品）、副使（从五品）。
后来改制：改置内使监、御用监，官秩皆为正三品，各设令一人（正三品）、丞二人（从三品）。奉御为正六品，典簿为正七品。皇门官官秩升为正四品，门正正四品，副门正从四品。春宫门的门官正、副官秩同皇门官。设置御马司，官秩正五品，设司正（正五品）、司副（从五品）。设尚宝监（兼管守殿、尚冠、尚衣、尚佩、尚履、尚药、纪事等奉御），这些奉御官秩均为正六品。
召湖广参政周德兴、岳州参政张彬返回建康。这是因为张士诚已被平定，要大规模会合诸将的缘故。
无锡莫天佑献城投降。
起初，莫天佑依附张士诚，大将军徐达多次派使者劝降，都被莫天佑杀害。
到这时，胡廷瑞等率兵攻城。州人张翼知事态紧急，率领父老去见莫天佑说：“我们百姓不见天日（指遭受压迫）已十二年了。张氏（张士诚）已被擒获，纵然坚守，又是为谁守呢？况且未必能守住这一座城。全城百姓的生死存亡，就在今晚，望您深思熟虑。”
莫天佑沉思良久，把帽子扔在地上说：“守此城难，不如投降。”张翼于是用绳索缒下城墙，到胡廷瑞军中请求说：“无锡本是良民，不幸身处割据之中，并非真心拥戴张氏，也非有心树立功业。如今明公大军兵临城下，势如泰山压卵，谁敢不惧？又有谁敢与您为敌呢？我不避万死，特为百姓请命，愿明公怜悯。”胡廷瑞高兴地说：“你确实知晓利害，明白取舍（识去就），使城池免遭兵祸，都是你的功劳。”于是命张翼回去。张翼叩城门入内告知莫天佑，莫天佑于是出城投降。
莫天佑性情凶猛，有勇力，人称“莫老虎”。壬辰年（4049年），他聚集乡民自保。张士诚攻陷常州后招降他，他不从；张士诚发兵攻打，未能取胜。后来张士诚接受元朝太尉官职，莫天佑才投降张士诚。张士诚多次上表推荐他为同佥枢密院事，也只是笼络他而已。
戊子日（十五日）：皇上亲临戟门检阅测试将士，并谕示千户赵宗等人说：“军队行伍不可不整齐，进退不可无节度。即使在军营房舍中，也必须队伍严整。遇有调遣征发，便于召集，不致混乱。从今以后在营中，必须以总旗为首，小旗次之，军人再次之。按序列屋居住。凡有出征，即使只有妇女在家，也能互相保护。临敌之时，也按此法。驻营则部伍不乱，行军则进退有节。再加上将领有智谋，不战则已，战则必胜。”
皇上又检阅骑兵的弓弩，将他们分组，告诫说：“你们知道弓的力道吗？它的力量只能达到百步，百步之外再加五步，就射不进去了。所以善射者求命中于百步之内，这样弓就没有损坏折断之患。驾驭马匹也是这样。马的力气能跑百里，百里之外再加十里，马力就疲乏了。所以善驭马者，常使其力有余而不竭尽，这样马就没有跌倒受伤之失。何况作战之际，马的功劳居多。平原旷野，驰骋上下，无不如意；克敌追奔，所向无前，都靠马力。若不善于调养，使其力乏，那么临阵之时，必致坏事，无法成功。”于是下令将士不得私乘战马及驮载私人物品，违令者治罪。
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